公路
衢州公路网布，横穿衢州的主要公路有杭金衢高速、黄衢南高速、杭新景高速、龙丽温高速等。另有横向的320国道、纵向的205国道和46省道等。
城区建有长途汽车站、南站、北站等。长途汽车站坐落于荷花中路411号，与新火车站毗邻，主要经营发往婺源、三清山等地的中长途班次。汽车南站（快客站）位于上街209号，主要经营发往杭州、宁波、温州、上海等地的高速（快客）班次。汽车北站位于西安路108号，是以经营城乡公交班线为主的汽车客运站

铁路
浙赣铁路电气化复线穿境而过，前身是始建于20世纪30年代的杭江铁路。衢常铁路也已经通车。境内设有龙游站、衢州站、江山站三个主要站点，另有旧时小站点十多处，如衢州东站，下张站，廿里站，后溪站等，其中衢州站为二等车站。

航空
衢州机场位于古城东面，修建于民国22年（1933），截止2007年11月底，衢州民航自 1993年11月通航至今先后曾开通了开往北京、南京、广州、深圳、厦门、上海、海口等航班，安全运送中外旅客25万余人次。目前主要航线有衢州—北京航线（每日），衢州—厦门航线（每周二、五、七），衢州—深圳航线（每周二、四、六），机型全部为波音737。2008年旅客吞吐量61434人次。

水运
衢江发源于开化莲花尖，是钱塘江的源头，水运自古即为浙西重要交通方式。杭州至衢州、常山的水道早在汉代即已开通，至唐代已相当完善，虽“逆流多惊滩”，亦可以竹索引船。发达的水运为两宋时期衢州工商业的发展奠定了坚实的基础，常山阁底沉船遗址的发现就是明证。比较有名的还有江山船。主要线路有①(北京、南京—)杭州—福建驿路(经杭州—严州—兰溪—衢州)②南京—杭州—福建水路③处州—龙游—衢州陆路④杭州—常山—玉山—江西南昌水陆路⑤衢州—浦城—建宁府水陆路(过江郎山、仙霞岭)⑥徽州—开化—常山陆路⑦徽州—常山—建宁府水陆路⑧杭州—江山—福州水陆路