铁路

新竹市在台湾西部铁路区位于台北与台中、台南都会区的重要联络节点，尤其与桃园、新竹、苗栗生活圈的关系紧密，区间的通勤多仰赖铁路运输。

新竹市的铁路最早可追溯到清末，当时的铁路由鸡笼通车至新竹。日据时期，纵贯铁路由新竹继续向南兴筑，并自新竹驿开辟支线，西北向新竹机场、东向竹东（后来的内湾线）。在日据时期，新竹车站早已取代北门街成为新竹城市的中心，也是新竹县市的交通枢纽。

纵贯线铁路贯穿新竹市，境内设有新竹及香山两站，其中新竹站各级列车多有停靠，班次密集。

公路

新竹市位居新竹县的西北角，与相邻城镇皆有方便的公路系统连接。中山高速公路和福尔摩沙高速公路在新竹市南侧交汇，分别以交流道连接光复路、公道五路、中华路。距台北市、台中市车程约一小时。

区域交通方面，省道台一线为南北向之重要干道，贯穿市中心位置，路线大致与纵贯铁路平行，往北可达竹北、湖口等乡镇，往南可至苗栗县竹南头份等地。东西向快速公路南寮竹东线由市区北缘通过，可连结新竹市区到南寮、芎林、竹东等地的交通。

台湾西部各大城市皆有台汽客运开往新竹市。新竹客运为境内主要大众运输工具，可分为通往市区各地的市公车系统及往竹东、竹北、关西、龙潭、中坜、杨梅等邻近市镇的客运系统，前者总站位于民族路上的SOGO百货旁，后者总站设在火车站右侧。

中山高速公路

一、新竹系统交流道下光复路出口，沿光复路往市区方向至中华路二段左转即可到达。

二、由新竹系统交流道下公道五出口，沿公道五行至忠孝路左转，再左转沿光复路往市区方向至中华路二段左转即可到达。

福尔摩沙高速公路
茄苳交流道下走柴桥路行经明湖路、南大路至西大路口左转，沿西大路至中华路二段右转直走即可到达。 
搭乘国光客运：在中华路上新竹站下车即可到达。
搭乘新竹客运、三重客运：在中华路二段及中正路口下车即可到达。
搭乘飞狗巴士：在中华路二段上新竹火车站下车即可到达。
搭乘豪泰客运：在中华路上新竹站下车即可到达。
搭乘亚联客运：在中华路上中华站下车即可到达。
搭乘苗栗客运：在中正路及中华路二段路口新竹站下车即可到达。
搭乘台湾高铁：转乘新竹客运(４号出口右侧50公尺)，到达中华路二段、中正路口下车即可到达。

航空

新竹机场开辟于日据时期，为军用机场。现属于台湾空军新竹基地的一部份。于1998年改为军民两用，曾为7家航空业者服务，但该年发生空难，且搭机不便、业者亏损，9月起停止民航。

海运

新竹市现有渔港包括新竹渔港与海山渔港，无工商业货物运输，主要功能为近海渔业及观光游憩。

新竹渔港前身为南寮渔港，1981年动工改建，于1991年完工启用。可以容纳50吨级渔船六百艘，150吨级渔船可以全天候进出渔港，为台湾西北部地区最优良之避风港。海山渔港位于香山区海山渔村，天然条件稍差。新竹市现有动力船筏133艘，其中动力舢板32艘；二十吨以下渔船48艘；二十至五十吨渔船32艘，五十吨级以上渔船21艘。