上海崇明县目前由崇明岛、长兴、横沙三岛组成，三岛陆域总面积1411平方公里。
其中崇明岛位于西太平洋沿岸中国海岸线的中点地区，地处中国最大河流长江入海口，是全世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿，有“长江门户、东海瀛洲”之称。全岛三面环江，一面临海，西接滚滚长江，东濒浩瀚东海，南与浦东新区、宝山区及江苏省太仓市隔水相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。岛屿地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温15.2℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。岛上水土洁净，空气清新，生态环境优良，居民平均寿命76.7岁。
长兴岛位于吴淞口外长江南水道，东邻横沙岛，北伴崇明岛。岛呈带状南沿有深水岸线近20公里，一般水深-12米至-16米，最深处-22米，可停靠30万吨级轮船。
横沙岛是长江入海口最东端的一个岛屿，三面临江，一面临海。背靠长兴，北与崇明岛遥相呼应，南与浦东隔江相望。岛呈海螺形。周边岸线30余公里，其中南端约有2公里深水岸线，水深-12米左右。