1、上海市内段（公交）
旅游5号线：上海旅游集散中心（八万人体育场5号扶梯下）——宝杨路码头，推荐此线；
北宝专线车：上海北站宝昌路（51路终点站）——宝杨路码头；
51路：上海北站宝昌路——宝杨路码头、吴淞码头；
另外，申崇专线车（共和新路985号）可直达东平国家森林公园。
2、水上段
自助游：“宝杨路码头”坐船到“南门码头”，6：30到17：00每半小时一班，高速船票价从22元起视船型而定，约45分钟达到；客船最晚19：30
自驾车：“石洞口码头”坐车客渡到“南门码头”，0：30到22：30整点加不定时航班，票价18元/人，约1小时10分钟到达；
吴淞码头也有船到南门码头，7：20到14：00

3、明段
公交
崇明岛港口码头至各旅游景点的交通线路有南江线、南东线、堡胜线、新森线等。
南江线：从南门港汽车站出发，每班发车间隔时间40分钟。发车线路：南门－港西城北镇－港西排衙镇―东平国森林公园―长江农场。
南东线：从南门港汽车站出发，每班发车间隔时间25分钟。发车线路：南门－建设下三星镇－东平国家森林公园－前卫村。
堡胜线：从堡镇港码头出发，班次随旅游淡旺季调整。发车线路：堡镇－竖新镇高石桥―竖新镇区－前进农场－长江农场－东平国家森林公园－前卫村
新森线：从新河汽车站出发，班次随旅游淡旺季调整。发车线路：新河汽车站－建设蟠龙镇－东平国家森林公园。

自驾
延安东路高架－成都北路高架－南北高架－共和新路－蕴川路－右转至盛石路（石洞口制衣厂）－直开半公里－石洞口南门汽渡－坐船到达崇明南门码头；
东平森林公园：南门码头－东门路－陈海公路（向东走）－到建设路口北上－北沿公路（向东走）－东平国家森林公园。
西沙湿地、明珠湖：南门码头－陈海公路－新建公路，西沙湿地。